Ciao e Buon Natale!
Non c'è assolutamente problema, sono compatibili al 100% perchè sono totalmente indipendenti. Anzi, i primi pacchetti MAIW erano addirittura di WoAI!
L'unico limite che puoi avere è lo spazio sul tuo disco rigido.
Utilizza tranquillamente il programma autoinstallante MAIW, ma leggi sempre bene il readme perchè potrebbero esserci piccole modifiche da fare (per es. levare qualche file). Se hai dimestichezza con come è strutturato FS2004, ti consiglio di installare il tutto sul desktop e procedere allo spostamento manuale dei file nelle cartelle del gioco.
In più, tieni conto che MAIW fornisce sempre repaints per TUTTI gli aerei di ogni flotta, quindi i pacchetti sono spesso voluminosi e possono rallentare il simulatore. La cosa più utile da fare, secondo me, è perdere un po' di tempo ed editare il file aircraft.cfg in modo da usare una singola texture per ogni tipo di aereo, ma se non ha intenzione di coprire tutto il modno (come sto facendo io) puoi anche lasciarli così.