io ci sono andato circa un'annetto fa (da roma). Ho volato a Tokyo Narita via mosca con Aeroflot; aveva (e credo abbia ancora) ottimi prezzi, transiti stretti e il giro via mosca è quello più breve.
Come compagnia mi sono trovato bene, ne meglio ne peggio di altre (parlo di economica, ed escludo le emiratine che non ho ancora preso).
Per muovermi internamente sconsiglio vivamente di prendere aerei (salvo che in piano non ci sia di andare su qualche isola, da quelle più piccole a quelle più grandi ovviamente) ma consiglio vivamente di acquistare (solo per i turisti) il Japan Rail Pass; accesso illimitato per tutta la durata de pass (c'è da vari periodo) a tutti i treni JR (ferrovie giapponesi nazionali), dai treni tradizionali a quello da alta velocità (Shinkansen): sono rapidi, efficienti, con tante corse al giorno e precisi. Sono il miglio modo di viaggiare in Giappone (e comunque sono un'esperienza da provare). Il pass è d'obbligo e anche se costoso ripaga a pieno perché i biglietti in se costano da soli moltissimo.
Ti faccio un'esempio; il pass che presi io costava 192€, ho preso 3 volte lo shinkansen (110€ medi a tratta) e quindi ho risparmiato 138€...per non parlare di tutti i vari treni tradizionali che ho preso...senza pass avrei speso 400/500 euro di treni!